이성질체(異性質體, 영어: isomer)는 분자단계와 원자단계에서의 생각해 볼 수가 있다.

분자단계에에서의 이성질체란 같은 분자식을 가지지만 구체적인 모양은 다르기 때문에 다른 물리적ㆍ화학적 성질을 갖는 화합물을 가리킨다. 이 경우에서는 분자 안에서 원자의 배열 방식이 다르기 때문에 이러한 화합물이 생긴다.

원자단계에서의 이성질체란 원자 번호와 질량수를 가지면서 반감기(半減期), 에너지 상태, 방사능의 성질이 다른 원자핵을 가리킨다.

마약류관리에관한법률 시행령에서는 향정신성의약품 등을 설명할떄 「이성질체(異性質體)」 라는 표현을 대신하여 「이성체(異性體)」라는 표현을 사용하였는데, 똑같은 표현이다.

원자의 연결 순서가 다른 이성질체이다.

결합의 순서와는 관계없이 결합의 기하적 위치에 의하여 차이를 보이는 이성질체이다. 광학 이성질체와 부분입체 이성질체가 있다.