지방재정법 제82조는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 금전의 지급을 목적으로 하는 지방자치단체의 권리 또는 지방자치단체에 대한 권리의 소멸시효기간을 5년으로 정하고 있다. 이는 금전 지급의 발생원인이 무엇이든지 위와 같은 권리에 대해서는 다른 법률에 이보다 짧은 기간의 소멸시효의 규정이 있는 경우 외에는 소멸시효기간을 5년으로 정한 것이다(대법원 2014. 5. 29. 선고 2014다203090 판결 등 참조) 대법원 2019. 10. 17. 선고 2019두33897 판결 [유가보조금반환처분취소청구]

민사소송절차에서 변론주의 원칙은 권리의 발생·변경·소멸이라는 법률효과 판단의 요건이 되는 주요사실에 관한 주장·증명에 적용된다. 따라서 권리를 소멸시키는 소멸시효 항변은 변론주의 원칙에 따라 당사자의 주장이 있어야만 법원의 판단대상이 된다.

그러나 이 경우 어떤 시효기간이 적용되는지에 관한 주장은 권리의 소멸이라는 법률효과를 발생시키는 요건을 구성하는 사실에 관한 주장이 아니라 단순히 법률의 해석이나 적용에 관한 의견을 표명한 것이다. 이러한 주장에는 변론주의가 적용되지 않으므로 법원이 당사자의 주장에 구속되지 않고 직권으로 판단할 수 있다. 당사자가 민법에 따른 소멸시효기간을 주장한 경우에도 법원은 직권으로 상법에 따른 소멸시효기간을 적용할 수 있다.
대법원 2017. 3. 22. 선고 2016다258124 판결 [부동산잔대금등청구의소]